A mohácsi vész utáni másfél évtizedben egyrészt a korábbi építészeti központok tevékenysége folytatódott, másrészt új centrumok is kialakultak, amelyek már az 1541 utáni késő reneszánsznak váltak meghatározóivá.
A humanisták szerint az új házak az olasz épületek szimmetriája alapján épültek. Több magas rangú budai a házának építésével 1500-tól itáliai mestert bízott meg. (Szapolyai) I. János király építésze, egy itáliai hadmérnök a budai királyi palota erődítésrendszerének déli részét fejlesztette tovább, majd ugyancsak ő építette ki az erdélyi Szamosújvár (Új Bálványosvára) szabálytalan négyszög alaprajzú olasz bástyás várát.
Míg az ország középső területein a XVI. század elején a királyi műhely hatása nyomán mindinkább elterjedt a reneszánsz, az ország peremvidékein és a városok nagy templomépítkezésein még mindig a késő gótika stílusa volt az uralkodó. Erdély déli részén, a Szászföldön a XV. század második felének mind gyakoribb török betörései miatt alakult ki egy új épülettípus: a templomerőd, ahol veszély esetén hosszabb időre egy egész település lakossága menedéket találhatott. A szász evangélikus püspöki székhely, Berethalom késő gótikus temploma e típus legmonumentálisabb emléke. Az 1500-as évek elején épült háromhajós csarnoktemplom külső falain lőrésszerű ablakok nyílnak. Az épületet tornyokkal megerősített támpilléres falrendszer veszi körül. A szász területek építészeti központja Nagyszeben volt, amelynek plébániatemplomát 1471–1520 között a déli oldalhajó feletti új, csillagboltozatos karzattal csarnoktemplommá alakították át.
Az egységes késő gótikus templomterek legjelentősebb példája a már említett nyírbátori és kolozsvári emlékek mellett a szegedi alsóvárosi obszerváns ferences templom.
Perényi Péter a mohácsi csata után szerezte meg elesett Pálóczi unokaöccse birtokát: Sárospatakot, ahol nemcsak hatalmas lakótornyot emelt, de a városmagot is bástyákkal és erősített fallal vetette körül. Az építőmesterek eltanulták a mesterséget, Bécsben vagy Franciaországban, majd később más európai városban, például Prágában vagy Budapesten önállóan, saját csapatukkal építették az épületeket.
A legkorábbi ismert magyarországi kőfaragócéh a budai volt, amelyet 1481-ben említettek először, a pestit egy évvel később. Ezért nagy jelentőségű a kolozsvári lapicidák 1525 decemberében kelt céhlevele. A céh tagjai szász és magyar mesterek voltak, de olasz mesternév is fennmaradt. Az okmány világosan két részre osztja a céhtagokat: lapicidákra (akik a kő finom megmunkálásához is értenek, de falat is rakhatnak) és a hangsúlyozottan alsóbb rendű murariusokra, akiknek csak a falazáshoz van joguk.
Az 1520-as évektől igen nagy jelentőségre tett szert a kolozsvári céh: mintegy másfél évszázadon át szállítottak reneszánsz ornamentumokat Erdély építkezéseire. Anyaguk a város környéki bányákból származó, jól faragható homokkő. A céh tevékenységének elsődleges színtere a kolozsvári négyzet alaprajzú főtér volt, ahol az 1530-as évektől egymás után épültek a reneszánsz nyíláskeretekkel ellátott polgárházak. A legjelentősebb egy kolozsvári plébános, erdélyi püspöki vikárius otthona volt, amely 1534–1541 között épült fel. Egyemeletes homlokzatát a földszinten szegmensíves kapu, valamint egyenes szemöldökpárkánnyal lezárt, az építtető címerével díszített kőkeretes ablak törte át.
1525-ben Bakics Pál szerb vajda átpártolt a törököktől, és Ferdinánd királyhoz csatlakozott, ennek fejében kapta meg a Pécs közelében fekvő Márévárt. A hosszúkás, ötszög alaprajzú, gótikus hegyi vár egyemeletes palotaépületét 1526–1533 közt építtették át, reneszánsz stílusban. Homlokzatain dekoratív, nyomott arányú kőkeresztes ablakokat helyeztek el, nyugati homlokzata elé loggia, illetve az északi oldalon zárt erkély készült. Belsejében díszes félköríves, egyenes szemöldökpárkánnyal lezárt ajtókeretek, kandallók kaptak helyet. A rozettás, növényi díszes, címeres faragványokat stílusuk alapján a pécsi műhely faragta.
Mátyás király humanista neveltetésében fontos szerepet kaptak az ókor és középkor hősi katonai cselekedetei. Az 1460-as években sokszor a Délvidéken a török ellen harcoló Mátyás figyelme érthetően fordult kora hadiépítészeti eredményei felé, 1465-ben Rimini uralkodója, Alberti megbízója küldte el neki Valturio haditechnikai tanácsadóját. 1458–1459-ben Nándorfehérvárt „illőbb épületekkel” erősíttette meg, valamint Jajcán, Szabácson és Szendrőn is építkezett. Ekkoriban tűntek fel az első itáliai építészek és építőmesterek Magyarországon: 1466-ban öt milánói kőművesmester dolgozott ott, Mátyás 1465-ös meghívására két év múlva érkezett Magyarországra a milánói herceg, Francesco Sforza bolognai hadmérnöke, aki fél évet töltött ott (minden bizonnyal szintén a déli végek várépítkezésein), 1469-ben pedig Paschoe Michelievich, Ragusa (Dubrovnik) főmérnöke vett részt Mátyás várépítési munkáiban. Amikor 1474-ben a király belépett az itáliai Legába, a pápával, Aragóniai Ferdinánd nápolyi királlyal és más magas rangúakkal került szövetségesi viszonyba, amelybe beletartozott a szolgálatukban álló hadmérnökök, építészek cseréje is.
Mátyás és Beatrix esküvőjekor (1476) sok itáliai érkezett Budára. Nápolyi tartózkodása alatt került kapcsolatba a trónörökös Aragóniai Alfonz humanista körével, amely a műpártolás kérdéseivel is foglalkozott, az arisztotelészi morál szemszögéből. Szerintük az uralkodó erkölcsi kötelessége az építészet és a művészetek támogatása.
Mátyás könyvtára, a Bibliotheca Corvina – az építészet mellett – a legfontosabb eredménye, 1000 körüli kötetszámával az egyik legjelentősebb könyvtár volt Európában. A legtöbb corvina Budán és a firenzei könyvkészítő műhelyekben készült. A könyvtárban megvolt Vitruvius építészeti traktátusa éppúgy, mint Alberti tíz könyve az építészetről.
Az itáliai reneszánsz architektúra magyarországi befogadását megkönnyítette az az Alberti által is megfogalmazott elv, mely szerint az épületek egyrészről önhordó építészeti tagozatokból, azaz párkányokból, nyíláskeretekből, függőleges tagolóelemekből, másfelől a kitöltő szerkezeti falból állnak. A magyarországi céhes rendszer relatív gyengesége és az uralkodó erős hatalma tette lehetővé, hogy (más, építőtevékenységben fejlettebb országokkal, például Ausztriával, Franciaországgal szemben) itt igazi all’antica építészet jöjjön létre az itáliai mesterek – az ornamentumok kifaragói – és a hazai kőművesek – a structura készítői – együttműködésével.
Mátyás fő építészének tevékenységéről ezt írták: A magyar király szolgálatában állva készített neki palotákat, kerteket, kutakat, szentélyeket, erődöket és fontos falazatokat, díszítésekkel, intarziákkal, megmunkált mennyezetekkel és hasonló dolgokat. Az 1479-től egy évtizeden át Budán munkálkodó itáliai mestercsoport tagjai nyilván cserélődtek, és az állandó tagok is időről időre hazatérhettek, mégis feljegyzett mesternevekkel teszi megfoghatóvá az enyészett, csak töredékeiben fennmaradt, hatalmas építkezéseket. Fontos okirat Johannes Grubanich lapicida 1487. december 1-jén Budán kelt végrendelete és a végrehajtásáról egy sebenicói (Šibenik) irat, amely Budán dolgozó dalmát kőfaragó társairól tudósít. A csoport idekerülésében talán fontos szerepet játszhatott a zárai (Zadar) Antonius de Jadra, Mátyás udvari káplánja és Beatrix királynő gyóntatója. A dalmát lapicidák korábban a Velencei Köztársasághoz tartozó Trauban (Trogir), Spalatóban (Split) és Sebenicóban dolgoztak, és itt a régió egyik vezető művészének hatása alatt álltak.
Mátyás építészeti mecénásságának legkiemelkedőbb teljesítménye a budai királyi palota döntően reneszánsz stílusú átépítése volt. Ebben először, az 1470-es évtized elejétől a már említett késő gótikus modorban dolgozó műhely vett részt, majd valamivel később, az 1470-es évek végétől a reneszánsz bottega is bekapcsolódott a munkákba, sőt az irányítást is átvette. A budai Várhegy déli részén álló épületegyüttes az 1541 utáni török uralom, főként pedig az 1686-os visszafoglalás során nagyrészt elpusztult, csak a díszudvar nyugati szárnyát és a Cisterna Regiát (Albrecht-pince) foglalták bele az 1715–1724 közt Hölbling János és Fortunato de Prati tervei szerint épült első barokk palotába. Sok más, csak maradványaikban fennmaradt középkori emlékünkhöz hasonlóan igen nehéz feladat képet alkotni Mátyás egykori rezidenciájáról.
A budai palota átépítése a második palotaudvar, az ún. díszudvar keleti részén kezdődhetett meg (ahol a Corvina Könyvtár két Dunára néző terme is helyet kapott), majd a déli szárnyban folytatódhatott, a palota legrégibb magja, az ún. Anjou-palota északi részében. Az alapvetően belsőépítészeti munkák modellje a firenzei Palazzo Vecchio 1469–1480-as évek közötti átépítése lehetett. A palota termeiben gazdagon faragott oromzatos ajtókeretek, intarziás ajtószárnyak, aranyozott, plasztikus párkányok és kazettás famennyezetek készültek. A Camicia-féle szerződésben említett firenzei intarziaasztalosok éppen ilyen munkákra voltak hivatottak. Így a budai palota említett részein a töredékek és leírások szerint új ajtó- és ablakkeretezések, berakásos ajtószárnyak, majolikapadlók és aranyozott faragású kazettás famennyezetek készültek az 1470-es évek második felében. A déli szárnyba helyezhetjük a Bonfininél dietáként szereplő termet, amely alighanem több helyiségből álló magánlakosztályt jelenthetett, háló- és lakószobákkal, barátok fogadására szolgáló ebédlővel és esetleg az urbinói Palazzo Ducale mintájára studiolót, dolgozószobát is magában foglalhatott. A heliocaminosok (loggiák) és zeták (fülkék) a napos délnyugati oldalon kaphattak helyet.
A nyugati szárny II. emeletének szabadon kialakított nagyobb belmagassága tette lehetővé a leírások alapján ide lokalizálható új, reprezentatív nagytermek, például a trónterem kialakítását. Ezeket minden bizonnyal kazettás sík famennyezet fedte. A Fontana metszet a szárny északi részére jelöli be a főlépcsőházat.
A reneszánsz árkádok egységes all’antica karaktert adtak az udvarnak, integrálták, egységes, új látványba foglalták a korábban eltérő periódusokban épült gótikus palotahomlokzatokat. A trapéz alaprajzú, így perspektivikus hatással is rendelkező díszudvar a reneszánsz építészet egyetemes fejlődésében is új állomás, a firenzei szűk kétemeletes palotaudvarok és az urbinói Palazzo Ducale tágas, de csak egyemeletes épülete után. Újdonság volt Budán az is, hogy balusztrádot ilyen nagy mennyiségben használnak. A díszudvar loggiasorának óriási hatása volt a hazai árkádos udvarok elterjedésére, de példaként szolgált a Wawel belső udvarának kialakításához is: ennek mecénása, Zsigmond herceg és építésze, Franciscus Florentinus is Budáról érkezett Krakkóba.
A budai királyi palota reneszánsz műhelye az itáliai reneszánsz sokféle régiójának művészetét magába olvasztotta: Toscanáét, Lombardiáét, Venetóét, Dalmáciáét. Az igen sok reneszánsz töredék faragásának kvalitása magas színvonalat mutat. A vörös márvány és budai márgaanyagú ornamentumok között ajtó- és ablakkereteket, címeres oromzatokat, kandallórészleteket, növényi vagy figurális díszítésű nyíláskereteket, balusztrádrészleteket, oszlop- és pilaszterfejezeteket, párkányokat találhatunk. Az enteriőrök pompáját a Mátyás-emblémákkal ellátott színpompás majolikapadlók, feliratos, növényi girlandos vagy másféle díszű ajtókeretek, intarziás ajtószárnyak, színes cserépkályhák, kandallók, falfestmények, festett üvegablakok, kárpitok emelték. A termeket általában aranyozott kazettás famennyezetek zárták le (a trónteremben ezeket lángoló tűzre helyezett üstök és könyvek, egy másikban farkukba harapó gyíkok és kígyók képei díszítették). A kazettás mennyezetek ettől kezdve igen elterjedtek, és évszázadokon át népszerűek voltak Magyarországon.
Budán a késő gótikus műhely ugyancsak folytatta munkáját párhuzamosan a reneszánsz bottegával. 1486 körül készült a Corpus Christi-oltárfülke, s a kápolna több új (köztük nyilván reneszánsz) berendezési tárgyat is kapott, 1489 novemberében ide kerültek Bajazid szultán ajándékaként Alamizsnás Szent János ereklyéi is. A két műhely nem dolgozott teljesen elszigetelten, ismerünk olyan tagozatokat, ahol a reneszánsz profilok gótikus módon metsződnek át a sarkokon.
Valószínűleg a budai Várhegy nyugati lejtőjén, a királyi rezidencia alatt, de kőkerítésén belül emelkedett a Villa Marmorea, amelyet Bonfini leírásából ismerünk. A magas ajtókkal és ablakokkal áttört épületben ebédlő és hálószoba is helyet kapott, melyeket faragott mennyezetek fedtek. Kert felőli oldalán loggia húzódott, előudvarát bronzkandeláberes balusztrád övezte. Magas tetőzetét aranyozott rézlemezek borították. Az épület körül szabályos itáliai reneszánsz kertet alakítottak ki, labirintussal, mértani formákra vágott fákkal és bukszusokkal.
Jóllehet Mátyás legfontosabb építkezéseinek színtere Buda volt, az ország más területein is emelt vagy átépített épületeket.
A budai királyi késő gótikus műhely dolgozott (kiegészítve egy reneszánsz stílusban működő kisebb mestercsoporttal) a visegrádi királyi nyaralópalotán is, amit megmagyaráz az a tény, hogy ez is a budai udvarbíróság alá tartozott. A XIV. században az Anjouk idején kiépült, gyönyörű fekvésű, a Dunára néző hegyoldal lejtőjén elhelyezkedő, a terep adottságait maximálisan kihasználó visegrádi királyi rezidenciát az 1470-es évek második felétől az 1480-as évtized első feléig terjedő időszakban építtette át Mátyás. A nyugati, útra néző, címerekkel díszített, hatalmas zárt erkélyt is magában foglaló szárny, az alsó fogadóudvar kétszintes, gótikus árkádsorának kiépítése, valamint a hegyoldali, lépcsőkkel összekötött teraszok rendszerének továbbfejlesztése alapvetően nem változtatta meg az addigi építészeti együttest, de még reprezentatívabbá tette.