Zápolya János szolgálatában (1536–1540)
Török Bálint látványosan pártolt át Zápolyához, és egy nagy országrészt hozott magával, amiért Zápolya magas árat fizetett. Ekkor kapta meg Hunyad várát is, az örökös főispáni tisztséggel, valamint más értékes birtokokat, Debrecent, Pécset, Pápát, ill. azok jövedelmeit. Ezekkel Török Bálint az éppen szétbomlóban lévő ország legnagyobb birtokosa lett. A király azonban súlyosan megfenyegette, sőt sikertelen merényletet is elkövettek ellene.
Az átállás ára az volt, hogy bele kellett vetnie magát a háborúskodásba, főleg Bakics ellen háborúzott, aki birtokait tekintve hasonló nagyságú erőforrással rendelkezett, és aki párbajra is kihívta, amit Török Bálint ügyesen elkerült. Zsoldosainak nem fizetett, ellenben hagyta a szabad zsákmányolást. Ekkoriban a törökökkel is tárgyalt, hogy segítségükkel dunántúli településeket foglaljon el. Közben 1537-ben Bakics elesett egy, az oszmánokkal vívott csatában.
Némi nyugalmat majd csak a váradi béke hoz, amelynek révén Ferdinánd király lett, Zápolya pedig fejedelem. A Habsburg-kötelék fontosabbnak tűnt, ugyanis a világbirodalom elvben többet tudott volna segíteni az oszmánok elleni harcban, de ezt csak akkor kívánták a Portával is tudatni, ha azt V. Károly, korának legnagyobb birodalmát uraló császára is jónak látja. Ekkoriban Török Bálint javában hadakozott, és csupán Győr vármegyében politizált, amikor összehívta a közgyűlését. Török Bálint nem is törekedett a békére, ugyanis a háborúskodás jövedelmezőbbnek bizonyult, még akkor is, ha Bakics Péter felégette Enyinget. Ezért Török Bálint fegyverrel vett elégtételt.
A magyar belpolitika nem lett egyszerűbb, Török Bálint jó politikusként ezt értette, és nyitva tartotta annak is a lehetőségét, hogy Zápolyához pártoljon, ugyanis annak nemeseivel tartotta a kapcsolatot. Zápolya tervei között is számított Török Bálint visszaszerzése. Török Bálint érdeke ebben az időszakban (1537–38) azt kívánta, hogy ne háborúzzanak az oszmánokkal, mert abból sehogy sem jöhetnek ki jól, és inkább adót fizessenek nekik.
Ezzel ellentétben a Dunántúlon kíméletlen harc folyt, ha pénzről volt szó, Török Bálint nem engedett, és nem habozott akár fegyvert is ragadni, ekkoriban Kecseti Márton merényletet szervezett ellene kétszer is. Közeledett a királlyal való szakítás pillanata.
Zrínyi János és Miklós az átállni szándékozó, Fráter Györggyel tárgyaló Katzianert megölették, és ez Török Bálintot elkeserítette. A Zrínyiek megerősödése is zavarta, és ekkoriban a törökökkel kereste a kapcsolatot. Egyébként már érvényben volt a váradi béke, de nem hirdették ki, mert nem akarták a szultánt ingerelni. Ekkor került egy platformra Fráter György és Török Bálint, akik a király óhaja ellenére nem akarták kihirdetni a békét, még a pápai nuncius kívánságára sem.
Ezután Erdélybe szólította a hadiállapot: a két erdélyi vajda, Balassa Imre, Maylád István és társaik ki akarták szakítani Erdélyt az országból. Zápolya abban a helyzetben ezt még nem tartotta elfogadható opciónak, és Török Bálintot Petrovics Péterrel Erdélybe küldte, akik fegyverrel teremtettek rendet. Török Bálint ebben nem nagy kedvvel vett részt, illetve az is lehet, hogy tényleg betegség miatt vonult vissza Gyulafehérvárra, ahol még találkozott halála előtt a súlyosan beteg Zápolyával. Török Bálint ekkor már Zápolya egyik legfontosabb embere volt.
Zápolya utolsó óhaja az volt, hogy ne lehessen Habsburg királya Magyarországnak, és inkább a szultán pártfogását keressék, a trónörökös (még csecsemő) nevelőjének Fráter Györgyöt nevezte ki.
Török Bálint a hatalma csúcsán (1540–1541)
Zápolya halála után az utószülött János Zsigmond tanácsosai közé tartozott, ám célja az volt, hogy egymaga gyakorolja a hatalmat a csecsemő királyfi nagykorúságáig. Ebben akadályozták, ugyanakkor a nagy diplomácia is beindult, I. Ferdinánd és Szulejmán is érdekei érvényesítésén dolgozott, és egy-egy magyar főnemes a kezükre játszott.
Szeptemberre lezajlott a királyválasztás. Nevelői Fráter György, Petrovics Péter és Török Bálint lettek. Irónia, hogy Török Bálint ekkor volt politikai hatalma csúcspontján, mégis olyan közel a fogsághoz. Ekkor még sokan hitték, hogy az oszmánok megállíthatók, és I. Ferdinánd köré csoportosultak, megpróbálták Török Bálintot is átcsábítani.
1541 tavaszán az oszmánok elindították hadjáratukat, amelynek eredményeként majd megszerzik Budát (ugyanabban az évben, mint Szabadkát). Török Bálint a törökökhöz csatlakozott, Buda várának bevételekor azonban már a szultán foglya volt.
A fogoly
Török Bálint átpártolásainak híre Szulejmánig is eljutott, ezenkívül Török Bálintban erős ellenfélre találhatott volna, ha az fel tudta volna használni birtokainak erőforrásait. Az oszmán hódítás éppen Török Bálint birtokait is érintette, köztük Szabadkát is. Az oszmánokat a későbbi időkben előszeretettel tekintették barbárnak, valójában ebben a korszakban a birodalom egy kifinomult, jól vezethető állam volt, így semmilyen kiszabadítási kísérlet nem járhatott eredménnyel. Török már a királlyal vívott harcban is meggyengült, a vitatott státusú király, János Zsigmond nevelőjeként azonban Nagy Szulejmán a sátrába hívatta, és onnan soha többé nem térhetett vissza. Isztambulba vitték, és többek között a Héttoronyban tartották fogva.
Kezdetben a felesége, Pemfflinger Katalin és a körülötte összpontosuló familiárisok próbálkoztak, csakhogy még Magyarországon sem született konszenzus arról, hogy egyáltalán szükség van-e Török Bálintra. Így Pemfflinger Katalin okosan belátta, hogy a Habsburg király mellett nagyobb biztonságban van, és tárgyalni kezdett vele, az egyik fő tárgyaló Török Bálint familiárisa, a szabadkai Kis Ambrus volt, a gordovai Fáncsi Jánossal. A király visszafogadta kegyeibe Török Bálint feleségét, aminek az volt az ára, hogy egyes vitatott birtokokat visszaadjon. Ugyanakkor Török Bálint kiszabadulása Habsburg Ferdinándnak sem volt érdeke. A főurak is akcióba kezdtek, és birtokokat szereztek, többek között Zrínyi Miklós ekkor szerzi meg Szigetvárt. Pemfflinger Katalin és fiai Debrecenben tudtak biztonságosan berendezkedni. Török Bálint fogsága egyben a feleségének a vagyoni lecsúszását is jelentette.
Török Bálint életének utolsó évtizedét tehát fogságban töltötte 1541-től. A keletieknél „törvényhozó” Szulejmán ugyan életben tartotta, minden eshetőségre felkészülve, de már nem adódott olyan helyzet, amikor szüksége lett volna Török Bálintra. Fráter György jó nevelőnek és helytartónak bizonyult, és politikai értelemben is ő töltötte be a fogoly Török Bálint helyét, így neki sem fűződött érdeke Török Bálint kiszabadulásához. Magyarországon is sokaknak a kezére játszott, hogy a vagyonát gyorsan gyarapító, gátlástalanul szövetségest váltó nagyúr már nincs Magyarországon. Ez egyeseknek anyagi hasznukra is vált.
Fogságát nem úgy kell elképzelni, mintha sanyarú börtönben raboskodott volna. Személyes kényelmet élvezhetett, és kivételes bánásmódot, akár az Újtoronyban, akár a Héttoronyban, akár magánházakban. Az oszmánoknak sikerült kicsikarniuk belőle egy, a birtokaira vonatkozó lemondólevelet, ami viszont Habsburg Ferdinánd számára volt elfogadhatatlan. Kiszabadítására a felesége tett még néhány kísérletet, a helyzeten azonban nem lehetett változtatni. Török Bálint 1550-ben halt meg, és arról, hogy hol van eltemetve, még ma sem tudni semmit. 1553-ban a felesége is elhunyt.
A róla szóló emlékezetben a fogsága dominál, valamint amellett, hogy jó hadvezér volt, az állhatatlansága maradt még fenn róla. Valóban, talán senki más nem váltott annyiszor pártot/oldalt a korszakban, mint ő Habsburg Ferdinánd, Zápolya János között, és még az oszmánok is szóba jöttek nála, noha azt is érdemes megjegyeznünk, hogy az oldalváltás cseppet sem volt ritka ebben a zavaros korszakban. Egyvalamiben azonban nem ingadozott: ha a vagyonát és a tekintélyét kellett megvédenie, még a Zrínyiekre is veszélyt jelentett, és ezt tapasztalta meg Cserni Jován is.
Fiait másmilyennek ismerjük, János és Ferenc a török elleni küzdelemben vett részt, és ebben váltak híressé.
Vége